မကြာသေးမီက ကျွန်ုပ်သည် အံ့သြဖွယ်ရာတစ်ခုကို ရှာဖွေတွေ့ရှိခဲ့သည်။သူ့ပတ်ဝန်းကျင်ရှိ အဆင့်မြင့် စမ်းသပ်မှု ကျွမ်းကျင်သူ အများအပြားသည် အခြေခံ စမ်းသပ်မှုဆိုင်ရာ ဗဟုသုတ အချက်အချို့ကိုပင် မသိကြပါ။

ဥပမာအားဖြင့် အောက်ပါမေးခွန်းများကို သင်ဖြေနိုင်ပါသလား။

OD260 နှင့် A260 အကြား ကွာခြားမှုရှိပါသလား။တစ်ခုစီက ဘာကို ဆိုလိုတာလဲ။
OD သည် optical density (အလင်းသိပ်သည်းဆ) ၏ အတိုကောက် A သည် စုပ်ယူမှု (absorbance) ၏ အတိုကောက်ဖြစ်ပြီး သဘောတရားနှစ်ခုသည် အမှန်တကယ် အတူတူပင်ဖြစ်သည်၊ "optical density" သည် "absorbance" ဖြစ်သည်၊ သို့သော် "optical density" သည် နိုင်ငံအများစုစံနှုန်းများနှင့် ကိုက်ညီပြီး ပို၍ စံသတ်မှတ်ထားသည်။

အများအားဖြင့် ကျွန်ုပ်တို့သည် OD တန်ဖိုးကို 260nm တွင် တိုင်းတာပြီး nucleic acid အာရုံစူးစိုက်မှုကို တွက်ချက်ရန်၊ ထို့ကြောင့် 1OD သည် အဘယ်အရာကို ကိုယ်စားပြုသနည်း။
နျူကလိခ်အက်ဆစ်သည် လှိုင်းအလျား 260nm တွင် အမြင့်ဆုံးစုပ်ယူမှုအထွတ်အထိပ်ရှိပြီး DNA နှင့် RNA နှစ်မျိုးလုံးနှင့် ကွဲအက်နေသော နျူကလိစ်အက်ဆစ်အပိုင်းအစများ (ဤအချက်သည် အဓိကအချက်ဖြစ်သည်)။
လှိုင်းအလျား 260 nm တွင် တိုင်းတာသော OD တန်ဖိုးကို OD260 အဖြစ် မှတ်တမ်းတင်ထားသည်။နမူနာသည် သန့်ရှင်းပါက OD260 တန်ဖိုးသည် nucleic acid နမူနာ၏ ပြင်းအားကို တွက်ချက်နိုင်သည်။
1 OD260=50 μg/ml dsDNA (ကြိုးနှစ်ထပ် DNA)
=37 μg/ml ssDNA (တစ်ခုတည်းသောသောင်တင်ထားသော DNA)
= 40 μg/ml RNA
= 30 μg/ml dNTPs (oligonucleotides)
RT-PCR၊ Realtime-PCR နှင့် QPCR အကြား ချိတ်ဆက်မှုနှင့် ကွာခြားမှု ရှိပါသလား။
RT-PCR သည် Reverse Transcription PCR ၏ အတိုကောက်ဖြစ်သည်။
Real Time PCR=qPCR၊ Quantitative Real Time PCR အတိုကောက်
Real Time PCR ( real-time fluorescent quantitative PCR) နှင့် Reverse Transcription PCR (reverse transcription PCR) နှစ်ခုလုံးကို RT-PCR ဟု အတိုချုံးထားပုံရသည်။သို့သော် နိုင်ငံတကာကွန်ဗင်းရှင်းမှာ- RT-PCR သည် အထူးအားဖြင့် ပြောင်းပြန်ကူးယူဖော်ပြခြင်း PCR ကို ရည်ညွှန်းသည်။

ဇီဝဗေဒတွင် DNA/RNA ၏အရှည်ကိုဖော်ပြရန် အသုံးများသော nt၊ bp နှင့် kb တို့သည် အဘယ်နည်း။
nt = နူကလီးအိုတိုက်
bp = base pair အခြေတွဲ
kb = ကီလိုဘေ့စ်

သေချာပါတယ်၊ လူတော်တော်များများက ဒီအသေးစိတ်အချက်အလက်တွေကို ဂရုမစိုက်ဘူးလို့ ပြောလိမ့်မယ်။ဒါကို လူတိုင်းလုပ်ကြပြီး အဲဒါက ဘာလဲဆိုတာ ဘယ်သူမှ မေးမှာမဟုတ်ဘူး။ဒါက မလိုအပ်ဘူးဆိုတာ မင်းသိတယ်မဟုတ်လား?

မဟုတ်ဘူး၊ မဟုတ်ဘူး၊ မဟုတ်ဘူး၊ ဒါကို သိဖို့ အရမ်းလိုအပ်တယ်။ဘယ်ကြောင့်လဲ?
ဆောင်းပါးတစ်ပုဒ် တင်ချင်တာကြောင့်ပါ။အစ်ကို!သင်သည် ဘွဲ့ရရန် ရည်မှန်းသည်ဖြစ်စေ သိပ္ပံနည်းကျ သုတေသနအောင်မြင်မှုများကို လိုက်စားသည်ဖြစ်စေ ဟောပြောရန် ဆောင်းပါးများကို အားကိုးရမည်ဖြစ်သည်။

Nucleic acid ထုတ်ယူခြင်းသည် အရိုးရှင်းဆုံးနှင့် အခြေခံအကျဆုံး စမ်းသပ်မှုဖြစ်သင့်သည်။nucleic acid ထုတ်ယူခြင်း၏အရည်အသွေးသည် နောက်ဆက်တွဲစမ်းသပ်မှုများ၏ရလဒ်များကို တိုက်ရိုက်ဆုံးဖြတ်သည်။

အကြိမ်များစွာပြောဖူးသော်လည်း ဂရုမစိုက်သော သူငယ်ချင်းများစွာ ရှိပါသေးသည်။ဒီတစ်ခါတော့ ဆောင်းပါးကို ရွှေ့ဖို့ ဆုံးဖြတ်လိုက်တယ်။

MIQE ဟုရည်ညွှန်းသော Quantitative Real-Time PCR စမ်းသပ်မှုများကို ထုတ်ဝေရန်အတွက် အနည်းဆုံး အချက်အလက်၊ သည် fluorescence quantitative PCR စမ်းသပ်မှုများနှင့် ဆောင်းပါးများကို ထုတ်ဝေခြင်းအတွက် အကဲဖြတ်ရန် လိုအပ်သော စမ်းသပ်အချက်အလက်အတွက် အနိမ့်ဆုံးစံနှုန်းများကို အဆိုပြုသည့် နိုင်ငံတကာတွင် ထုတ်ဝေသည့် fluorescence quantitative စမ်းသပ်မှုလမ်းညွှန်ချက်အစုတစ်ခုဖြစ်သည်။စမ်းသပ်သူမှ ပံ့ပိုးပေးသော စမ်းသပ်မှုအခြေအနေများနှင့် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုနည်းလမ်းများမှတစ်ဆင့်၊ ပြန်လည်သုံးသပ်သူများသည် သုတေသီ၏ စမ်းသပ်မှုအစီအစဉ်၏ တရားဝင်မှုကို ပိုမိုကောင်းမွန်စွာ အကဲဖြတ်နိုင်ပါသည်။

နျူကလိစ်အက်ဆစ် ထုတ်ယူမှုအပိုင်းတွင် အောက်ပါ ထောက်လှမ်းရေးပစ္စည်းများကို အဆိုပြုထားသည်ကို တွေ့မြင်နိုင်သည်၊

“E” သည် ပေးဆောင်ရမည့် အချက်အလက်ကို ညွှန်ပြပြီး “D” သည် လိုအပ်ပါက ပေးသင့်သည့် အချက်အလက်ကို ညွှန်ပြသည်။

ပုံစံက အရမ်းရှုပ်ထွေးတယ် တကယ်တော့ လူတိုင်းကနေစဖို့ လိုအပ်တယ်လို့ ပြောချင်ပါတယ်။

သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း (D)၊ အထွက်နှုန်း (D)၊ သမာဓိ (E) နှင့် ညီညွတ်မှု (E) တို့သည် ဤရှုထောင့်လေးရပ်တွင် Nucleic acids ကို အကဲဖြတ်ရန်။

စမ်းသပ်မှုအလေ့အထအရ သန့်ရှင်းမှုနှင့် အာရုံစူးစိုက်မှုဆိုင်ရာ အကဲဖြတ်နည်းများကို ဦးစွာပြောဆိုပါ။

OD တိုင်းတာခြင်းသည် စမ်းသပ်သူများအတွက် အနှစ်သက်ဆုံးနှင့် အလွယ်ကူဆုံး ထောက်လှမ်းသည့်နည်းလမ်းဖြစ်သည်။နိယာမနဲ့ ပတ်သက်ပြီးတော့ ဒီမှာ အသေးစိတ် မပြောတော့ပါဘူး။ယခုအခါ ဓာတ်ခွဲခန်းများစွာသည် နျူကလိစ်အက်ဆစ်နမူနာများကို တိုက်ရိုက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန် ultra-micro spectrophotometers များကို အသုံးပြုကြသည်။စုပ်ယူမှုတန်ဖိုးကိုပြသနေစဉ်၊ ပရိုဂရမ်သည် အာရုံစူးစိုက်မှုတန်ဖိုး (nucleic acid၊ ပရိုတင်းနှင့် ချောင်းဆိုးဆေး) နှင့် ဆက်စပ်အချိုးများကို တိုက်ရိုက်ပေးပါသည်။OD တန်ဖိုးကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအရ၊ ဒီပုံကို Save လိုက်ရင် အဆင်ပြေသွားမှာပါ။

Universal OD တန်ဖိုးဖြေရှင်းချက်စာရင်း

သို့သော် သင့်အတွက် သီးခြားထုတ်ရန် လိုအပ်သော သတိပေးချက်အချို့ရှိပါသည်။

(နောက်တော့၊ မင်းဟာ ကယ်တင်ပြီး မင်းလိုအပ်တဲ့အချိန်အထိ စောင့်နေရတဲ့သူတွေဖြစ်မယ်ဆိုတာ ငါသိတယ်။)

မှတ်စု ၁ ပစ္စည်း

မတူညီသော စက်ပစ္စည်းများကြောင့် OD တန်ဖိုးကို သက်ရောက်မှုရှိပါမည်။OD260 သည် သတ်မှတ်ထားသော အကွာအဝေးအတွင်း ရှိနေသရွေ့ OD230 နှင့် OD280 တို့၏ တန်ဖိုးများသည် အဓိပ္ပါယ်ရှိပါသည်။ဥပမာအားဖြင့်၊ သာမန် Eppendorf D30 ၏ စုပ်ယူမှုအကွာအဝေးသည် 260nm တွင် 0~3A ဖြစ်ပြီး၊ Thermo ၏ NanoDrop One သည် 260nm ဖြစ်သည်။စုပ်ယူမှုအကွာအဝေး 0.5 ~ 62.5A ။

မှတ်စု ၂ပျော့ဆေး

မတူညီသော ဓာတ်ပစ္စည်းများ၏ ပျော့ပြောင်းမှုကြောင့် OD တန်ဖိုးကို ထိခိုက်နိုင်သည်။ဥပမာအားဖြင့်၊ pH တွင်သန့်စင်ထားသော RNA ၏ OD260/280 ဖတ်ရှုခြင်း။7.5 10mM Trisကြားခံသည် 1.9-2.1 ကြားရှိပြီး၊neutral aqueous ဖြေရှင်းချက်အချိုးသည် 1.8-2.0 သာဖြစ်နိုင်သော်လည်း အချိုးအစားသည် နိမ့်လိမ့်မည်၊ သို့သော် RNA ၏ အရည်အသွေးသည် ကွာခြားမှုကို ပြောင်းလဲသည်ဟု မဆိုလိုပါ။

မှတ်စု ၃လက်ကျန်ပစ္စည်းများ

အကြွင်းအကျန်များတည်ရှိမှုသည် nucleic acid စူးစိုက်မှုတိုင်းတာခြင်း၏တိကျမှုကိုအကျိုးသက်ရောက်လိမ့်မည်၊ ထို့ကြောင့် nucleic acid နမူနာများတွင် ပရိုတင်း၊ phenol၊ polysaccharide နှင့် polyphenol အကြွင်းအကျန်များကို တတ်နိုင်သမျှရှောင်ရှားရန် လိုအပ်ပါသည်။

သို့သော် တကယ်တမ်းတွင် အော်ဂဲနစ်ဓာတ်ပစ္စည်းများဖြင့် ထုတ်ယူခြင်းသည် နည်းလမ်းဟောင်းတစ်ခုဖြစ်သည်။လုပ်ငန်းသုံးပစ္စည်းများတွင်၊ ဖယ်ရှားရန်ခက်ခဲသော အဆိပ်နှင့် အန္တရာယ်ရှိသော အော်ဂဲနစ်ဓာတ်ပစ္စည်းများကို ရှောင်ရှားခြင်းဖြင့် ဆီလီကာအခြေခံ စုပ်ယူမှုကော်လံဖြင့် ထုတ်ယူခြင်းအကျိုးသက်ရောက်မှုကို ရရှိနိုင်သည်။Foregene ၏ nucleic acid ထုတ်ယူသည့်ကိရိယာသည် လည်ပတ်မှုတစ်လျှောက်လုံး DNase/RNase နှင့် အဆိပ်ရှိသော အော်ဂဲနစ်ဓာတ်ပစ္စည်းများကို အသုံးမပြုပါ၊ မြန်ဆန်ပြီး ဘေးကင်းပါသည်။, ပြီးနောက်အကျိုးသက်ရောက်သည်။ကောင်းတယ်(ပြောင်တယ်လို့ မထင်မှတ်ဘဲ သိချင်တာပါ)။

ဥပမာ 1- မျိုးရိုးဗီဇ DNA ထုတ်ယူမှု အထွက်နှုန်းနှင့် သန့်ရှင်းမှု

Foregene Soil DNA Isolation Kit (DE-05511) သည် အရင်းအမြစ်အမျိုးမျိုးမှ မြေဆီလွှာနမူနာများကို ကုသပေးပြီး ရရှိသော မျိုးဗီဇ DNA ၏ ပမာဏနှင့် သန့်စင်မှုကို အောက်ပါဇယားတွင် ပြထားသည်-
ဥပမာ 2- တစ်ရှူး RNA ထုတ်ယူမှု အထွက်နှုန်းနှင့် သန့်ရှင်းမှု

Animal Total RNA Isolation Kit (RE-03012) မှ အမျိုးမျိုးသော တစ်ရှူးနမူနာများကို စီမံဆောင်ရွက်ပြီး ရရှိသော RNA ၏ ပမာဏနှင့် သန့်ရှင်းမှုကို အောက်ဖော်ပြပါဇယားတွင် (မောက်စ်တစ်ရှူးအတွက်)-
သို့သော် သင်သည် OD တန်ဖိုးဖြင့် ပြီးသွားသည်ဟု မထင်ပါနှင့်။ရှေ့က မင်းအတွက် ငါဆွဲထားတဲ့ အဓိကအချက်တွေကို မင်း ဂရုစိုက်ပြီးပြီလား။

အသိပေးစာ

အစိတ်စိတ်အမွှာမွှာကွဲသွားသော နျူကလိစ်အက်ဆစ်မော်လီကျူးများကိုလည်း စုပ်ယူမှုတွင် တွက်ချက်မည်ဖြစ်သည်။သင့်တွင် RNA တွင် မျိုးရိုးဗီဇ DNA အကြွင်းအကျန်များရှိနေသည်ဟု ယူဆပါက သင်၏ OD တန်ဖိုးသည် အလွန်မြင့်မားနေပုံပေါ်သော်လည်း RNA ၏ အမှန်တကယ်ပါဝင်မှုအား မဆုံးဖြတ်နိုင်ပါ။သင်၏ RNA သည် ပျက်စီးယိုယွင်းခြင်းရှိမရှိ ရှင်းရှင်းလင်းလင်းမသိရသေးပါ၊ ထို့ကြောင့် MIQE တွင်ဖော်ပြထားသော နျူကလိစ်အက်ဆစ် သမာဓိရှိမှု အကဲဖြတ်မှုကို ပိုမိုတိကျစေရန်အတွက် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် အကဲဖြတ်သည့်နည်းလမ်းတစ်ခု လိုအပ်နေသေးသည်။